プロセスが自動化され分かりやすいため、ラボワークフローを迅速化できます。また、NGS 用 SLIMS の実装プロセスは短時間で済むため、ビジネスでの成果もより早く確認できます。例えば、DNA を抽出して Agilent SureSelect XT キットを Novaseq で使用して分析する必要がある場合、デフォルトワークフローを数分で展開することができます。
次世代シーケンシング用 Agilent SLIMS
NGS ワークフローの統合と効率化
NGS データおよびワークフローの容易な追跡とトレース
シンプルなソリューションで、多すぎる情報をもっと簡単に処理しませんか。SLIMS は、すべてのラボ情報を管理でき、時間と費用の節約および士気の温存を可能にする単一のシステムです。従来の LIMS（ラボ情報管理システム）よりも簡単に、かつ短時間で導入できるため、サンプル管理プロセス全体の統合、自動化、可視化に先回りして取り組むことができます。SLIMS の導入が早ければ早いほど、今すぐ、そして時間を経る中でも、より大きなメリットを得ることができます。
詳細はこちらNGS 用 SLIMS の利点
ご使用中の NGS 機器と接続
HIPAA、CLIA、CAP などへの準拠を効率化
メタデータの記録とレポート作成を自動化
大量のサンプルデータを視覚的に追跡
無限に発生するタスクを整理
アクセス権を容易に管理
エンドツーエンドのサンプル管理
NGS 用 SLIMS は、最高レベルの LIMS と NGS ワークフロー管理機能を組み合わせています。マウスを動かしてクリックするだけで可能な自動化により、パイプライン全体を促進できます。また、Agilent Alissa Interpret との統合により、オーダー作成からバリアント分析まで、ユーザーが何をすべきかガイドすることが可能です。これにより、ステージ間でのサンプルの管理、位置と割り当ての追跡、複雑なワークフローのガイダンスに従った実施、外れ値の検出、遅延のないコラボレーションの促進が可能になりました。また、SLIMS は非常に適応性が高いため、ラボ固有のプロセスに合わせた構成も簡単です。
SLIMS を使用すれば、ラボスタッフは、サンプル管理プロセスの全ステップを追跡し、関連するすべてのコンテンツへのパスを見つけることができます。SLIMS で可能になる内容は次のとおりです。
- 受け入れから保管、発送までの追跡
- あらゆる時と場所における管理過程の追跡
- サンプル用の柔軟なメタデータ
- 標準および試薬の使用の追跡と在庫管理
- 誘導、分画、混合（プーリング）
- ラボ内で見つけやすくなる、カスタム仕様のラベルとバーコードの印刷
統合と自動化がもたらす柔軟性
NGS 用 SLIMS では、自動化された単一システムが NGS ワークフロー全体をサポートします。SLIMS Store モジュールを使用すると、クリックするだけで設定をダウンロードでき、サンプル、プレート、アッセイ、機器をすばやく簡単に統合できます。インデックスプレートは、任意の順序でダウンロードして再設定できます。キットを選択するだけで、ワークフロー、試薬、アダプタのバーコードが SLIMS によってインストールされます。
主要プロバイダのインデックスセット
SLIMS には Agilent SureSelect、Illumina Nextera XT、BGI、10x Genomics 用などのインデックスセットが用意されています。カスタムセットは、Excel で簡単にアップロードできます。ワークフロー内のサンプルプレートに適用するアダプタプレートも、SLIMS で提示されます。
主要プロバイダのインデックスセット
- 専用の簡単な SLIMS プラグインを使用して、ご使用中の EMR（電子医療記録）とシームレスに統合
- SLIMS Store からアジレントのプラグインをダウンロードしてサンプルシートを生成し、NGS QC から結果をインポート
- アジレントのコアシーケンシングワークフローを使用して、シーケンシング機器 Illumina BaseSpace と統合。
- SLIMS API を使用して、お客様独自のデータパイプラインにシームレスに接続。
ワークフローの自動化
SLIMS により、これまで手動で行っていたプロセスを容易に自動化して、効率を向上させエラーを低減できます。また、ワークフローからサンプルへ新しい要求を追加したり、コントロールサンプルの追加を自動化したり、ルールを適用してプールおよび保管を検証することができます。マウスを移動してクリックするだけで、DNA/RNA 抽出、ライブラリ調製、QC、正規化、プーリング、シーケンシングなどの幅広いプロトコルを追加できます。
ワークフロー全体の可視性
SLIMS は視覚的、直観的で、使いやすいソリューションです。ワークストリーム全体またはその一部のグラフィカルな最新ビューを表示できるため、いつでも自分の ToDo リストの進捗状況と次に何をするべきかを確認できます。これまでのように、自分に関係のないデータやタスクをソートする必要はありません。
グラフィカルインタフェースを使用しているため、コンテンツの作成とフィルタリングも簡単です。ユーザーは、表示させるコンテンツをカスタマイズし、一意の識別子やコンテンツタイプ、ステータスといったすべてのサンプル属性を確認したり、変更したり、変更した人および変更の日時を含めた元のコンテンツからの変更点をチェックできます。この機能により 21 CFR part 11 順守義務も満たすことができます。例えば、特定のプロトコルタイプ内で処理中のサンプル数を、即座に確認できます。いずれかの項目をクリックすると、対応するプロトコルに直接ルーティングされるため、そのまま作業を開始したり、作業の続きを行ったり、実行した内容を確認したりできます。SLIM を開くだけで、作業を開始したり、タスクを確認したりできます。
信頼性と拡張性に優れたデータ管理
NGS 用 SLIMS はデータをワンストップで管理できます。お客様のサンプルとデータを 1 か所に統合します。SLIMS により、さまざまなタイムゾーンの複数サイトにあるラボで、アクセス権のあるラボ担当者とマネージャがリモートからでもデータを瞬時に使用できます。SLIMS のアーキテクチャは、データ集約型ワークフローでも、または複雑なワークフローでも、要件を満たすように拡張できます。必要な保管スペースと、収集したサンプルを確実に整理する機能を常に利用できます。これをデジタルで、かつ自動的に実行することによって、より一貫性がある品質の優れた結果が得られ、監査も容易なります。
すぐに運用可能
NGS 用 SLIMS には、柔軟なインストールオプションが用意されています。アジレントの拡張性と安全性に優れた強力なサーバーにホストすることも、ご利用のクラウドサービスプロバイダでホストすることも可能です。また、お客様の IT インフラストラクチャ内のサーバーにインストールすることもできます。NGS 用 SLIMS は Web ブラウザで動作し、クライアントコンピュータにその他のソフトウェアは必要ありません。また、タブレットでも使用できます。
より短時間で結果を取得
専門知識
アジレントの SLIMS エンジニアは、科学やラボインフォマティクス分野の素養のある専門家です。アジレントは 20 か国以上のラボにソリューションを導入してきました。インストールや設定からバリデーションと継続的な支援まで、プロジェクトの全段階でサポートしています。
SLIMS Store
SLIMS Store では、あらかじめ設定されたツールを使用して迅速に実装できます。一連のサンプルタイプ、位置、メタデータ、自動化スニペットなどから選択することで、ソリューションを可能な限り早期に動作させることができます。必要な項目をインストールしてそのまま使用することも、SLIMS をラボに合わせて調整することも可能です。
お客様の言葉
お客様から寄せられた SLIMS のご感想
「SLIMS は、試薬用、抗体用、マウス用などあらゆるもの用のさまざまな管理システムを、単一システムに統合します。取り込まれるものに深さと豊かさがあり、これは以前には不可能でした」
「私たちの病院で SLIMS の機能は、別の病院から送られてきたサンプルの追跡とトレースや、被験者のサンプル、プロトコル、結果への関連付けを支援してくれています。これにより、オーダーの登録、スケジューリング、検証が可能となります。ELN モジュールでは、シーケンシングの実行をライブオーバービューで追跡できます。科学者の要求する広範囲の情報のほか、分かりやすいステップごとの手順による NGS 分析ワークフローのガイドも表示されます。さらに、サンプルとオーダーの状態のライブオーバービューが表示されます。このビューには、指定したサンプルとその派生物に関連付けられたすべてのデータが含まれています」
FAQ
次世代シーケンシング（NGS）は、疾患やその他の医学研究に関連付けられる遺伝子の変異を研究するための、高スループットな超並列シーケンシング技術を意味します。NGS は、生物学的研究に大変革をもたらしたチェインターミネーション法というシーケンシング、つまりサンガーシーケンシングを改良したもので、この手法により初めてゲノム配列を決定できるようになりました。
NGS と第一世代のシーケンシングとの主な違いはスループットです。NGS は、1 回の実行で数百万の DNA の断片を並列シーケンシングします。従来のシーケンシング、サンガーシーケンシングでは、時間のかかる分析を用いており、1 回の反応で数個の塩基しか解読できませんでした。量とスループットの改善例を挙げると、NGS では 1 日でヒトゲノム全体の配列を決定できますが、最初のヒトゲノムの決定で使用されたサンガーシーケンシング法では解読に 10 年以上かかりました。また、NGS のスループットの大幅な向上により、DNA 配列を決定するための費用も大きく低減しました。
NGS 用のすべてのラボ情報管理システム（LIMS）は、サンプルと関連データをユーザーがより容易かつ効率的に管理できるようにします。どのような NGS ワークフローに対しても、適切な LIMS は次のことを可能にします。
- HIPAA、CLIA、CAP などの規格への準拠を効率化
- 大量のサンプルデータを視覚的に追跡
- ご使用中の NGS 機器と接続
- 低速で接続されていない Excel データの検索が不要
- メタデータの記録とレポート作成を自動化
- 無限に発生するタスクを整理
- 三次解析のための変異分析の管理
NGS は、多数の手順がある複雑な科学的プロセスです。高品質で一貫性のあるデータを確保するための QC チェックも含まれます。各手順を示します。
- サンプル収集
- サンプル調製
- ライブラリ調製
- ターゲットエンリッチメント
- シーケンシング
- データ解析とレポート作成
LIMS は、自動分注機から機器類、そして NGS データ解析ソフトウェアまで、NGS ワークフローのいたる所で使用されるすべての機器とソフトウェアパッケージを接続できます。特にシーケンサは、保存および解析される膨大な量の NGS データを生成します。その後、LIMS は重要な結果を見つけ出し、レポートに含めます。
NGS ラボが直面する課題はいくつかあり、その多くはアジレントの製品やソリューションで防ぐことができます。
- 課題：再利用可能な方法でのデータの保存。解決策：Agilent SLIMS は、Microsoft Excel などの一般的なスプレッドシートシステムと比べると、サンプル、手順、そしてサンプル結果の間にある関連性を検索したり作成したりする上で利点があります。Excel は使いやすく汎用的ですが、情報の検索や構造化には適していません。
- 課題：サンプル品質の特定のレベル以上での確実な維持。解決策：ルーチン QC チェックによりサンプル品質を確保できます。Agilent SLIMS に統合された Agilent TapeStation システムと同様に、統合され自動化されたサンプル QC は、効率化および使いやすさの面で NGS ワークフローに最適です。
- 課題：複雑でエラーの起こりやすいライブラリ調製。解決策：Agilent SLIMS は直観的に操作でき、ユーザーガイダンスも用意されているため、プロトコルをより容易かつ短時間で設定できます。同時に、自動化によって汚染やエラー、サンプルあたりの費用を低減できます。Agilent Bravo は、NGS サンプル調製の自動化を可能にする自由度の高い分注装置です。時間的な余裕を生むと同時に、一貫性のあるデータを提供できます。
コンプライアンスを確保するために、NGS ラボは以下などの規格に適合する必要があります。HIPAA、CLIA、ISO 13485、ISO/IEC 17025、ISO 15189。
NGS は多くの遺伝子を同時に試験するために使用される方法で、DNA または RNA のゲノム全体またはターゲット領域内のヌクレオチドの順序を決定します。異型や変異の検出にも使用できます。例えばがんの場合、患者の生検や除去された腫瘍で NGS を行うことがあります。
リアルタイムのポリメラーゼ連鎖反応（PCR）は、より容易で許容範囲が広い技術で、多重化の能力は限られています。NGS では多数の遺伝子配列を同時に決定しつつ、正確な変化を明らかにできます。しかし、NGS は PCR よりも技術的な要求が厳しく、費用も高価なプロセスです。
定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）は、ターゲットの数が少ない低スループットのラボで最適に機能します。NGS はより拡張性が高く、高スループットのシーケンシングに適しており、より高い検出力と感受性があります。
DNA シーケンシングが発明されてから 10 年が経ち、10,000 以上の NGS システムが世界中で導入されました。次世代シーケンシングが現世代シーケンシングとして認められようになった今、ラボはより高いスループットをより整理された形で提供するという課題に直面しています。規制団体も、ラボにより多くのデータを記録し長期間の保有を可能にするように求めることで、その役割を担っています。このように、生産性を重視しつつ NGS ワークフロー全体を一貫性を持って管理するために、デジタルソリューションを実装する必要があります。
アジレントは幅広い NGS ポートフォリオに加え、ラボワークフロー全体ですべてのサンプルを管理し追跡する包括的なソフトウェアソリューションを、SLIMS で提供できます。このソリューションには、サンプル収集中、サンプル使用前、NGS ライブラリ QC、ターゲット濃縮中の品質管理対策も含まれています。SLIMS は、数年間にわたってデータの分類と利用の安全性が確実に維持されるために必要な、高度なコントロールも提供します。
デモを容易にご覧になれます。
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